神威太湖之光上分子動(dòng)力學(xué)模擬的性能優(yōu)化

摘要： “ 神威·太湖之光 “ 國產(chǎn)超級(jí)計(jì)算機(jī)的特點(diǎn)是適用于高通量計(jì)算系統(tǒng),此類系統(tǒng)往往存儲(chǔ)器訪問延遲,網(wǎng)絡(luò)延遲較長(zhǎng).在實(shí)際應(yīng)用中,有一大類問題是時(shí)間演化的模擬問題,往往需要高頻狀態(tài)迭代,每次迭代需要通信.此類應(yīng)用問題的典型代表是分子動(dòng)力學(xué)模擬,分子的性質(zhì)依賴于時(shí)間演化,導(dǎo)致狀態(tài)相關(guān)的時(shí)間尺度上難以并行化.實(shí)際應(yīng)用中,全原子模型需要模擬超過μs時(shí)間尺度,每一步的物理時(shí)間為1fs～2.5fs,...